El clima de la ciudad es muy variado por las diferencias tan marcadas en la altitud ya que el terreno en el que se encuentra varía entre los 1,800 metros en el norte a los 1,380 metros de altitud sobre el nivel del mar en la parte sur de la ciudad, por lo que el norte presenta un clima templado húmedo, y se vuelve un poco mas cálido y menos húmedo hacia el centro y sur de la ciudad, pero en general el clima es semi-calido semi-húmedo A (C)w2 el más fresco de los cálidos y el más húmedo del grupo de los sub-húmedos de acuerdo con la clasificación de Köppen y geiger.
Así mismo presenta una temporada de lluvias desde mediados del mes de mayo hasta fines del mes de octubre con fuertes chubascos y tormentas principalmente por la noche, presentando un régimen de lluvias de 1,200 milímetros anuales en promedio y una temperatura media anual es de 21.5 °C, estas condiciones convierten a la ciudad de Cuernavaca en la más cálida y lluviosa de las ciudades del centro del país.
Los meses más cálidos son Abril y Mayo con una temperatura que alcanza hasta los 34 °C durante el día en los días más cálidos, encontraste los meses de Diciembre y Enero son los meses más fríos descendiendo la temperatura por debajo de los 10 °C por la noche y madrugada.
